Hyperlink management system
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ヘルプ 目次

１．リンク自動管理システムとは
２．自動管理によるリンクの設定方法
３．全データベース検索
４．ID一括変換システム（ID converter system）
５．ID対応表のダウンロード
６．ID識別システム
７．Webサービス
８．収録データベース/ID
９．変更履歴

１．リンク自動管理システムとは

「リンク自動管理システム（Hyperlink Management System）」は、生命科学分野の多数のデータベース間のリンクを自動で更新・管理するための仕組みです。遺伝子やタンパク質等の情報を対象として、データ識別子（ID）の対応表を毎日自動で更新しており、各データベースの各データへのリンクに必要なURLの情報を、毎日自動で更新しています。 一般の研究者等がデータベースやホームページを作成する際に、本サイトで提供しているCGIを呼び出すことによって簡単にリンクを設定することができます。

また、本サイト上では「全データベース検索」、「ID一括変換システム」、「ID対応表のダウンロード」などの便利な機能を利用できます。 本システムは、文部科学省科学技術振興調整費・科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進「生命科学データベース統合に関する調査研究」（平成１７ー１９年度）の支援を受けて、産業技術総合研究所生物情報解析研究センターにて開発されました。平成２０年度からは経済産業省統合データベースプロジェクト（ポータルサイト MEDALS）の支援を受けつつ、産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて構築しています。

Creative Commons License
この作品は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。
本サイトの提供するシステムを利用する場合は以下の論文を引用してください。
Imanishi T and Nakaoka H (2009) Hyperlink Management System and ID Converter System: enabling maintenance-free hyperlinks among major biological databases. Nucleic Acids Research 37(Web Server Issue) doi:10.1093/nar/gkp355. (http://biodb.jp/)

２．自動管理によるリンクの設定方法

（１）単純なリンクの方法

本サービスは、 
		http://biodb.jp/hfs.cgi?id=[ID]&type=[ID Type]&db=[Database name]
のように [http://biodb.jp/hfs.cgi?]にパラメータを渡すだけで利用できます。 設定するパラメータは以下の通りです。

  1. [ID]
    変換するIDを指定します。

  2. [ID Type]
    指定したIDの形式を指定します。
    利用できるIDのリスト

  3. [Database name]
    転送先のデータベース、ビューアーを指定します。
    利用できるデータベースのリスト

サンプル
Accession Number「BC053657」からH-InvDB (Transcript view)へリンクする場合。 
		http://biodb.jp/hfs.cgi?id=BC053657&type=ACC_ID&db=TRANSCRIPTVIEW

HTMLには以下のように記述します。 
		<a href='http://biodb.jp/hfs.cgi?id=BC053657&type=ACC_ID&db=TRANSCRIPTVIEW'>BC053657</a>
		サンプル：BC053657

ヒトのID一覧
No.形式概要
1HIX_IDH-Inv cluster ID (HIX)
2HIT_IDH-Inv transcript ID (HIT)
3HIP_IDH-Inv protein ID (HIP)
4GENE_IDGeneID
5ACC_IDAccession Number
6PROTEIN_IDRefSeq Protein ID
7OMIM_IDOMIM ID
8REF_SEQRefSeq ID
9PUBMED_IDPubMed ID
10UNIPROT_IDUniProt Accession Number
11GENE_SYMBOLHUGO gene symbol
12JSNP_IDdbSNP rs#
13MS_IDMarker Name
14PDB_IDPDB ID
15FR_IDfRNAdb ID
16ENSG_IDEnsembl Gene ID
17ENST_IDEnsembl Transcript ID
18ENSP_IDEnsembl Protein ID
19CLONE_IDClone ID (by NBRC)
20FLJ_IDFLJ ID (by NBRC)
21HPRD_IDHPRD ID
22CIPRO_IDCIPRO ID
23KEGG_IDKEGG Gene ID
24PATHWAY_IDKEGG Pathway ID
25DGV_IDDGV ID
26PEPTIDE_IDPeptide Accession
27CCO_PDBECHEM_IDPdbeChem ID
28CCO_DRUGBANK_IDDrugBank ID



多型のID一覧
No.形式概要
1RS_NOReference cluster ID(rs#)
2SNP_GENE_IDGeneID



マウスのID一覧
No.形式概要
1MMU_MGI_IDMGI Marker Accession ID
2MMU_ACC_IDAccession Number
3HIT_IDH-Inv transcript ID (HIT)
4MMU_UNIPROT_IDUniProt Accession Number
5MMU_REF_SEQRefSeq ID
6MMU_GENE_IDGeneID
7MMU_PROTEIN_IDRefSeq Protein ID
8MMU_PUBMED_IDPubMed ID
9MMU_ENST_IDEnsembl Transcript ID
10MMU_ENSG_IDEnsembl Gene ID
11MMU_CLONE_IDClone ID(FANTOM)
12MMU_GENE_SYMBOLMouse Gene Symbol(MGI)
13MMU_PDB_IDPDB ID
14MMU_BRC_MS_IDBRC ID
15MMU_ALLELE_IDALLELE ID
16MMU_KEGG_IDKEGG Gene ID
17MMU_PATHWAY_IDKEGG Pathway ID



ラットのID一覧
No.形式概要
1RNO_ACC_IDAccession Number
2HIT_IDH-Inv transcript ID (HIT)
3RNO_REF_SEQRefSeq ID
4RNO_GENE_IDGeneID
5RNO_PROTEIN_IDRefSeq Protein ID
6RNO_PUBMED_IDPubMed ID
7RNO_UNIPROT_IDUniProt Accession Number
8RNO_ENST_IDEnsembl Transcript ID
9RNO_ENSG_IDEnsembl Gene ID
10RNO_RGD_IDRGD ID
11RNO_KEGG_IDKEGG Gene ID
12RNO_PATHWAY_IDKEGG Pathway ID



ホヤのID一覧
No.FormatOutline
1CIN_ACC_IDAccession Number
2HIT_IDH-Inv transcript ID (HIT)
3CIN_UNIPROT_IDUniProt Accession Number
4CIN_UNIREF_IDUniRef100 Accession Number
5CIN_REF_SEQRefSeq ID
6CIN_GENE_IDGeneID
7CIN_PROTEIN_IDRefSeq Protein ID
8CIN_PUBMED_IDPubMed ID
9CIN_ENST_IDEnsembl Transcript ID
10CIN_ENSG_IDEnsembl Gene ID
11CIN_CIPRO_IDCipro ID
12CIN_GHOST_IDGhost ID
13CIN_ANISEED_IDAniseed Gene ID



化合物のID一覧
No.形式概要
1CCO_CHEBI_IDChEBI ID
2CCO_DRUGBANK_IDDrugBank ID
3CCO_KEGGCOMPOUND_IDKEGG Compound ID
4CCO_KEGGDRUG_IDKEGG Drug ID
5CCO_NIKKAJI_IDNIKKAJI ID
6CCO_PDBECHEM_IDPDBeChem ID
7CCO_PHARMGKB_IDPharmGKB ID
8CCO_C_IDPubChem Compound ID
9CCO_S_IDPubChem Substance ID
10PDB_IDPDB ID
11CCO_PUBMED_IDPubMed ID
12UNIPROT_IDUniprot Accession Number
13CCO_CAS_IDCAS ID *1
14CCO_KNAPSACK_IDKNApSAcK ID
15CCO_HMDB_IDHMDB Accession Number



ヒトのデータベース一覧
No.形式概要
1TRANSCRIPTVIEWH-InvDB (Transcript view)
2LOCUSVIEWH-InvDB (Locus view)
3GINTEGRAH-InvDB (G-integra)
4PPIH-InvDB (PPI view)
5NUCLEOTIDENCBI RefSeq nucleotide
6GENBANKNCBI GenBank
7ENTREZGENENCBI Entrez Gene
8OMIMNCBI OMIM
9PUBMEDNCBI PubMed
10GEMDBJGeMDBJ
11HUGOHUGO
12MUTATIONVIEWMutationView
13HGOLDH-GOLD
14PDBPDB
15UNIPROTUniProt
16ENSTEnsembl Transcriptview
17ENSGEnsembl Geneview
18GGDBGGDB
19FRNADBfRNAdb
20NBRCNBRC
21HGPDHGPD
22KEGGKEGG Gene
23PATHWAYKEGG Pathway
24HPRDHPRD
25LEGENDALEGENDA
26EVOLAEVOLA
27HDBASH-DBAS
28GCOMPASSG-Compass
29PROTEINVIEWProtein View
30CIPROCIPRO
31HANGELH-ANGEL
32FLJHFLJ Human cDNA
33VARYSYSDBVarySysDB
34PDBECHEMPDBeChem
35DRUGBANK_HDrugBank
36WIKIPEDIA_HPWikipedia Human proteins
37PROTEINNCBI RefSeq protein
38DGVDGV
39COXPRESCOXPRESdb
40ATLASHuman Protein ATLAS
41PEPTIDEPeptide Atlas
42ENSPEnsembl Protein
43NEXTPROTneXt Prot
44DISGENETDisGeNet



多型のデータベース一覧
No.形式概要
1DBSNPdbSNP
2VADEVaDE
3IJGVDiJGVD
4HGVDHGVD
5GWASGWAS Catalog
6CLINVARClinVar
7ENTREZGENENCBI Entrez Gene



マウスのデータベース一覧
No.形式概要
1NUCLEOTIDENCBI RefSeq nucleotide
2GENBANKNCBI GenBank
3ENTREZGENENCBI Entrez Gene
4PUBMEDNCBI PubMed
5UNIPROTUniProt
6ENSTEnsembl Transcriptview
7ENSGEnsembl Geneview
8KEGGKEGG Gene
9PATHWAYKEGG Pathway
10EVOLAEVOLA
11MGIMGI Gene
12IKMCIKMC
13FANTOMFANTOM
14PDBPDB
15BRC_MSBRC Mouse Strain
16ALLELEMGI Allele
17SYMBOLMouse Gene Symbol
18PROTEINNCBI RefSeq protein
19COXPRESCOXPRESdb



ラットのデータベース一覧
No.形式概要
1NUCLEOTIDENCBI RefSeq nucleotide
2GENBANKNCBI GenBank
3ENTREZGENENCBI Entrez Gene
4PUBMEDNCBI PubMed
5UNIPROTUniProt
6ENSTEnsembl Transcriptview
7ENSGEnsembl Geneview
8KEGGKEGG Gene
9PATHWAYKEGG Pathway
10EVOLAEVOLA
11RGDRat Genome Database
12PROTEINNCBI RefSeq protein
13COXPRESCOXPRESdb



ホヤのデータベース一覧
No.FormatOutline
1NUCLEOTIDENCBI RefSeq nucleotide
2GENBANKNCBI GenBank
3ENTREZGENENCBI Entrez Gene
4PUBMEDNCBI PubMed
5UNIPROTUniProt
6UNIREFUniRef100
7ENSTEnsembl Transcriptview
8ENSGEnsembl Geneview
9CIPROCipro
10TRANSCRIPTVIEWH-InvDB (Transcript view)
11GHOSTGhost
12ANISEEDAniseed
13PROTEINNCBI RefSeq protein



化合物のデータベース一覧
No.形式概要
1PUBCHEM_CPubChem Compound
2PUBCHEM_SPubChem Substance
3DRUGBANKDrugBank
4KEGGDRUGKegg Drug
5KEGGCOMPOUNDKegg Compound
6CHEBIChEBI
7PHARMGKBPharmGKB
8PDBECHEMPDBeCem
9NIKKAJINIKKAJI
10CASCAS
11CITEXPLORECiteXplore
12PUBMEDPubMed (NCBI)
13PDBJPDBj
14UNIPROTUniProt
15KNAPSACKKNApSAcK
16HMDBHMDB
17JECDBJECDB



（２）Real-Time Link Generatorによりデータがある場合だけリンクする方法

ウェブサービスでリンク自動管理システムにアクセスし、リンク先に該当するデータがある場合のみ、リンクが埋め込まれたIDを表示する方法です。この方法だとリンク先のデータの有無がわかるので、ユーザにとって非常に便利です。リンク先のデータがない場合は、"No Link"と表示されます。使い方は、
サンプル１
サンプル２
のソースをご覧いただき、コピーしてお使いください（IDの部分だけ書き換えます）。このサンプル１では、OMIM IDを手がかりとしてH-InvDBのLocus viewへのリンクを自動生成しています。HTMLの中にJava Scriptを数行埋め込むだけで、利用可能です。サンプル２は24種類のデータベースへのリンクを表示しています。

３．全データベース検索

あるデータベースのIDを指定すると、それと対応する他のデータベースのIDを「芋づる式」に検索して表示します。デフォールトでは対象データベースとして[All Databases]が選択されており、本システムが対応しているすべてのデータベースへのリンクが表示されます。対応するIDが1件の場合は自動転送されますが、複数のIDが対応する場合はその一覧が表示されます。
新着データのハイライト機能について：　前週の月曜日の全リンク情報と比べて新たにリンクされたデータがみつかった場合に、「New」のマークが表示されます。そのため、週に一度以上全データベース検索を実行すれば、新着データを見落とすことがなくなり、便利です。

利用方法


    検索画面

    （１）変換元ID/形式を選択
    変換元ID/形式一覧

    （２）変換するIDを入力

    （３）転送先のデータベースを選択
    データベース一覧

    （４）"Search"ボタンをクリック
    検索結果が表示されます。検索結果が1件の場合は自動転送されます。


    検索結果

４．ID一括変換システム（ID converter system）

- ID一括変換システム（ID converter system）

５．ID対応表のダウンロード

最新のID対応表をダウンロードをすることができます。2種類のIDを選んで検索ボタンを押し、現れたID対応表のファイルをダウンロードします。ダウンロードファイルは、タブ区切りのテキスト形式です。

６．ID識別システム

ID識別システム（ID Resolver）は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。

利用方法

    （１）調べたいIDを入力（図１）
    複数のIDを入力する場合は、カンマ、スペース、改行で区切ります。また、IDのリストをアップロードすることもできます。


    図１．ID入力画面

    （２）"Search"ボタンをクリック
    識別結果（図２）は左から順に、IDのカテゴリー、入力したID、IDの種類、データベースの種類（リンクあり、図２A）、全データベース検索へのリンク（アイコン）が示されます。結果を保存したい場合は上部にある"Download"ボタン（図２B）をクリックしてください。タブ区切りのテキストファイルでダウンロードできます。


    図２．結果表示画面

    識別可能なIDの種類 こちらをご覧ください。

７．Webサービス

- Webサービス

８．収録データベース/ID

本システムでは、以下のデータベースからデータを取得しています。
また、IDの対応表は以下の図に基づいて作成しています。線で結ばれた経路をたどることにより、すべてのデータの対応関係を解析しています。

ヒトのデータベース

H-InvDB   http://www.h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp

-H-Inv cluster ID (HIX)
-H-Inv transcript ID(HIT)
-H-Inv protein ID (HIP)
-Accession Number

NCBI   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

-GeneID
-Accession Number
-RefSeq ID
-RefSeq Protein ID
-OMIM ID
-PubMed ID
-HUGO gene symbol

HUGO   http://www.genenames.org/

-HUGO gene symbol

H-GOLD   http://www.h-invitational.jp/gdbs/

-H-GOLD Marker ID
-Accession Number

GeMDBJ   https://gemdbj.nibio.go.jp/

-dbSNP rs#
-HUGO gene symbol

PDBj   http://www.pdbj.org/

-PDB ID
-UniProt Accession Number

MutationView   http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/mutview/index.jsp

-OMIM ID
-HUGO gene symbol

Ensembl   http://www.ensembl.org/index.html

-Ensembl Gene ID (ENSG)
-Ensembl Transcript ID (ENST)
-Ensembl Protein ID (ENSP)
-HUGO gene symbol

UniProt   http://www.uniprot.org/

-UniProt Accession Number
-Accession Number

fRNAdb   http://www.ncrna.org/frnadb

-fRNAdb ID
-Accession Number

GGDB   http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/

-HUGO Gene Symbol

HGPD   http://www.HGPD.jp/

-FLJ ID
-Clone ID
-Accession Number

KEGG   http://www.genome.jp/kegg/

-KEGG Gene ID
-KEGG Pathway ID
-GeneID

HPRD   http://www.hprd.org/

-HPRD ID
-GeneID

NBRC   http://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.html

-FLJ ID
-Clone ID
-Accession Number

LEGENA   http://h-invitational.jp/legenda/top.htm

-GeneID

Evola   http://www.h-invitational.jp/evola/search.html

-H-Inv transcript ID(HIT)
-Mouse Accession Number

H-DBAS   http://h-invitational.jp/h-dbas/

-H-Inv cluster ID (HIX)
-Accession Number

G-Compass   http://h-invitational.jp/g-compass/

-H-Inv transcript ID(HIT)

Protein View   http://h-invitational.jp/hinv/help/help_index.html

-H-Inv protein ID (HIP)

CIPRO   http://cipro.ibio.jp/

-CIPRO ID
-Accession Number

H-ANGEL   http://h-invitational.jp/hinv/h-angel/

-H-Inv protein ID (HIP)
-Accession Number

FLJ Human cDNA   http://flj.hinv.jp/

-FLJ ID
-Clone ID
-Accession Number

VarySysDB   http://h-invitational.jp/varygene/home.htm

-H-Inv transcript ID(HIT)
-Accession Number

PDBeChem   http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdchem/cgi-bin/cgi.pl?APPLICATION=1

-PDBeChem ID
-PDB ID

DrugBank   http://www.drugbank.ca/

-DrugBank ID
-UniProt Accession Number

Wikipedia Human proteins   http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Human_proteins

-HUGO gene symbol

DGV   http://projects.tcag.ca/variation/announcements.php

-DGV ID
-HUGO gene symbol

COXPRESdb   http://coxpresdb.jp/

-GeneID

Human Protein ATLAS   http://www.proteinatlas.org/

-Ensembl Gene ID (ENSG)
-HUGO gene symbol

Peptide Atlas   http://www.peptideatlas.org/

-Peptide Accession
-UniProt Accession Number

neXt Prot   http://www.nextprot.org/db/

-UniProt Accession Number

DisGeNet   http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/menu/home

-GeneID


図．ヒトの分子データの対応関係


多型のデータベース

dbSNP   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/index.html

-Reference cluster ID(rs#)
-GeneID

VaDE   http://bmi-tokai.jp/VaDE/

-Reference cluster ID(rs#)

iJGVD   http://ijgvd.megabank.tohoku.ac.jp/

-Reference cluster ID(rs#)

HGVD   http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/SnpDB/

-Reference cluster ID(rs#)

GWAS Catalog   https://www.ebi.ac.uk/gwas/home

-Reference cluster ID(rs#)

ClinVar   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

-Reference cluster ID(rs#)
-Variant ID

NCBI   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

-GeneID

>

図．多型の分子データの対応関係


マウスのデータベース

NCBI   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

-GeneID
-Accession Number
-RefSeq ID
-RefSeq Protein ID
-PubMed ID

Ensembl   http://www.ensembl.org/index.html

-Ensembl Transcript ID (ENST)
-Ensembl Gene ID (ENSG)
-Accession Number

UniProt   http://www.uniprot.org/

-UniProt Accession Number
-Accession Number

KEGG   http://www.genome.jp/kegg/

-KEGG Gene ID
-KEGG Pathway ID
-GeneID

Evola   http://www.h-invitational.jp/evola/search.html

-H-Inv transcript ID(HIT)
-Accession Number

MGI   http://www.informatics.jax.org/

-MGI Marker Accession ID
-Mouse Gene Symbol
-Accession Number

IKMC   http://www.knockoutmouse.org

-MGI Marker Accession ID

FANTOM   http://fantom3.gsc.riken.jp/

-Clone ID(FANTOM)
-Accession Number

PDB   http://www.pdbj.org/

-PDB ID
-UniProt Accession Number

BRC Mouse Strain   https://database.riken.jp/sw/en/BRC_Mouse_Strain/cria315s1i/   

-BRC ID
-Allele ID
-MGI Marker Accession ID

MGI Allele   http://www.informatics.jax.org/

-Allele ID
-MGI Marker Accession ID

COXPRESdb   http://coxpresdb.jp/

-GeneID




図．マウスの分子データの対応関係


化合物のデータベース

PubChem   http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

-PubChem Compound ID
-PubChem Substance ID
-ChEBI ID

DrugBank   http://www.drugbank.ca/

-DrugBank ID
-PubChem Compound ID
-Uniprot Accession Number

KeggDrug   http://www.kegg.jp/kegg/drug/

-KEGG Drug ID
-PubChem Substance ID

KeggCompound   http://www.genome.jp/kegg/compound/

-KEGG Compound ID
-PubChem Substance ID
-NIKKAJI ID

ChEBI   http://www.ebi.ac.uk/chebi/

-ChEBI ID
-PDBeChem ID
-PubMed ID
-CAS ID

PharmGKB   http://www.pharmgkb.org/

-PharmGKB IDr
-DrugBank ID

PDBeChem   http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdchem/cgi-bin/cgi.pl?APPLICATION=1

-PDBeChem ID
-PDB ID

NIKKAJI   http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top_e.jsp

-NIKKAJI ID

PDBj   http://www.pdbj.org/

-PDB ID

UniProt   http://www.pir.uniprot.org/

-Uniprot Accession Number
-Accession Number




図．化合物と薬剤の分子データの対応関係

化合物および薬剤のデータは、同じ種類の分子同士をリンクしています。
UniProtのタンパク質配列は、ある化合物や薬剤と結合することが知られている「標的タンパク質」に対してリンクしています。
PDBの立体構造データは、化合物や薬剤を含むタンパク質複合体の構造データに対してリンクしています。


ホヤのデータベース

NCBI   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

-GeneID
-Accession Number
-RefSeq ID
-RefSeq Protein ID
-PubMed ID

UniProt   http://www.uniprot.org/

-UniProt Accession Number
-UniRef100 Accession Number
-Accession Number

Ensembl   http://www.ensembl.org/index.html

-Ensembl Transcript ID (ENST)
-Ensembl Gene ID (ENSG)

Cipro   http://cipro.ibio.jp/

-Cipro ID
-RefSeq
-H-Inv transcript ID(HIT)

Ghost   http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/indexr1.html

-Ghost ID
-Cipro ID

Aniseed   http://aniseed-ibdm.univ-mrs.fr/index.php

-Aniseed Gene ID
-Cipro ID




図．ホヤの分子データの対応関係


９．変更履歴

  • 2007年12月26日　リンク自動管理システムを正式公開。
  • 2008年06月19日　対応データベースとして、PDBj,MutationViewを追加し、ID一括変換システムを正式公開。
  • 2009年01月06日　対応データベースとして、Ensembl,GGDB,HGPDを追加した。
  • 2009年01月12日　クリエイティブ・コモンズ・ライセンスによるライセンス条件を表示。
  • 2009年08月20日　Hyperlink Management Systemの変換先データベースとして"All Databases"を追加。
  • 2009年09月29日　対応データベースとして、KEGGを追加した。
  • 2009年10月21日　対応データベースとして、HPRDを追加した。
  • 2009年12月28日　HUGO Gene Symbolの"previous symbol"を追加した。
  • 2010年01月28日　対応データベースとして、PubMed,GenBank,OMIM,NBRCを追加した。
  • 2010年02月25日　データID対応表のダウンロード機能を追加した。対応データ ベースとして、LEGENDA,Evolaを追加した。
  • 2010年04月08日　マウスについてNCBI,Ensembl,Uniprot,KEGG,Evola,MGI,IKMCを追加した。
  • 2010年04月20日　対応データベースとして、FANTOMを追加した。
  • 2010年05月26日　対応データベースとして、H-DBAS,G-Compass,Protein Viewを追加した。
  • 2010年06月30日　対応データベースとして、CIPRO,H-ANGEL,FLJ Human cDNA,VarySysDBを追加した。
  • 2010年09月10日　"Chemical compounds and Drugs"のPre-releaseを開始した。対応データベースとしてPubChem,DrugBank,KeggDrug,KeggCompound,ChEBI,PharmGKB,NIKKAJIを追加した。
  • 2010年12月14日　Uniprotの"secondary accession number"を追加した。
  • 2011年01月27日　GenBankの"secondary accession number"を追加した。
  • 2011年02月16日　ID識別システムの機能を追加した
  • 2011年03月07日　"Ciona intestinalis"のPre-releaseを開始した。対応データベースとしてNCBI,Ensembl,Uniprot,Ciproを追加した。
  • 2011年04月13日　"Ciona intestinalis"の正式公開を開始した。対応データベースとしてGhost,Aniseedを追加した。
  • 2011年05月10日　対応IDとして、Mouse Gene Symbolを追加した。
  • 2011年08月01日　対応データベースとして、Wikipedia Human proteinsを追加した。
  • 2011年09月14日　対応データベースとして、JSNP DATABASEを追加した。
  • 2011年10月26日　対応データベースとして、Mouse PDB,BRC Mouse Strain,MGI Alleleを追加した。
  • 2011年12月12日　全データベース検索に「新着データのハイライト機能」を追加した。
  • 2012年02月07日　"Rattus norvegicus"の正式公開を開始した。対応データベースとしてNCBI,Ensembl,Uniprot,RGD,Evolaを追加した。
  • 2012年03月09日　対応データベースとして、KEGGを追加した。(Rattus norvegicus)
  • 2012年04月06日　対応データベースとして、KNApSAcK,JECDB,HMDBを追加した。(Chemical compounds and Drugs)
  • 2012年07月11日　話題のデータ機能を追加した。
  • 2012年08月10日　対応データベースとして、NCBI RefSeq Proteinを追加した。
  • 2012年10月02日　対応データベースとして、DGVを追加した。
  • 2013年01月24日　対応データベースとして、COXPRESdbを追加した。
  • 2013年05月21日　対応データベースとして、Human Protein ATLASを追加した。
  • 2013年07月09日　対応データベースとして、Peptide ATLASを追加した。
  • 2013年08月27日　対応データベースとして、Ensembl Proteinを追加した。
  • 2013年10月18日　対応データベースとして、neXt Protを追加した。
  • 2015年04月03日　"Polymorphism"の正式公開を開始した。対応データベースとしてdbSNP,VaDE,iJGVD,HGVD,JSNPを追加した。
  • 2015年05月18日　対応データベースとして、ClinVarを追加した。
  • 2015年06月01日　対応データベースとして、DisGeNetを追加した。
  • 2016年12月14日　対応データベースとして、GWAS Catalogを追加し JSNPを削除した。